Сами приложения тоже устанавливаются на флешку. Другое дело, что они скрыты от глаз пользователя, это вопрос безопасности. И да, их таким макаром не забакапишь, сами приложения, потом ставятся из магазина, другое дело, что "некоторые" приложения позваляют бакапить прогресс-настройки-контент в облаке, это надо глядеть в настройках архивации в облаке, либо в самом приложении.